Setelah tak lagi menjabat di PP Muhammadiyah, Syafii kemudian aktif di lembaga advokasi dan pendidikan yang didirikannya, yakni Maarif Institute.
Syafii juga dikenal sebagai penulis. Banyak pemikirannya yang mewarnai dunia Islam.
Pada Tahun 2015 Syafii pernah menjadi Ketua Tim Independen yang mengatasi konflik Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) dan Polri.
Sejak 28 Februari 2018 hingga akhir hayatnya, Syafii menjabat sebagai anggota Dewan Pengarah Badan Pembinaan Ideologi Pancasila (BPIP).
Tak hanya itu, Syafii juga menjabat sebagai Presiden World Conference on Religion for Peace (WCRP). ***